# Makefile for coding region identification programs -- J. Badger
# CRITICA -- Coding Region Identification Tool Invoking Comparative Analysis

CC=gcc -Wall -O2
LIBS=-lm  

OBJS1=critica.o findcoding.o extendregions.o misc.o  statistic.o karlin.o seqlib.o
OBJS2=dicodontable.o misc.o seqlib.o   
OBJS3=translate.o misc.o seqlib.o   
OBJS4=scanblastpairs.o misc.o seqlib.o 
OBJS5=reportscore.o misc.o  statistic.o karlin.o seqlib.o
OBJS6=addlongorfs.o misc.o seqlib.o   

all: critica dicodontable translate scanblastpairs reportscore addlongorfs 


critica: $(OBJS1)
	$(CC)  -o critica $(OBJS1) $(LIBS)

dicodontable: $(OBJS2)
	$(CC)  -o dicodontable $(OBJS2) $(LIBS) 

translate: $(OBJS3)
	$(CC)  -o translate $(OBJS3) 

scanblastpairs: $(OBJS4)
	$(CC)  -o scanblastpairs $(OBJS4) 

reportscore: $(OBJS5)
	$(CC)  -o reportscore $(OBJS5) $(LIBS) 

addlongorfs: $(OBJS6)
	$(CC)  -o addlongorfs $(OBJS6) $(LIBS) 

